Tata cara sholat istikharah tidak jauh berbeda dengan sholat sunah lainnya. Sholat istikharah sendiri merupakan sholat dua rakaat untuk memohon kepada Allah ketentuan pilihan yang lebih baik diantara dua hal yang belum dapat ditentukan baik buruknya. Yakni apabila seseorang berhajat dan bercita cita akan mengerjakan sesuatu maksud, sedang ia ragu ragu dalam pekerjaan atau maksud itu, apakah dilakukan terus atau tidak.
Maka untuk memilih salah satu dari dua hal diteruskan atau tidak, disunatkan shalat dua rakaat. Sholat istikharah waktu pelaksanaannya lebih utama, jika dikerjakan seperti shalat tahajud yakni di malam hari. Sesudah selesai shalat dengan sempurna kemudian terus berdoa dengan doa istikharah dan sesudah berdoa hendaklah memilih dalam hati, mana yang cenderung hati antara dua hal itu.
1. Niat sholat Istikhoroh Artinya: Aku niat sholat sunat istikharah dua rakaat karena Allah ta'alaa. Allahu Akbar
2. Takbiratul ihram, diikuti dengan doa iftitah 3. Membaca surat Al Fatihah 4. Membaca surat dari Alquran.
5. Ruku’ dengan tuma’ninah 6. I’tidal dengan tuma’ninah 7. Sujud dengan tuma’ninah
8. Duduk di antara dua sujud dengan tuma’ninah 9. Sujud kedua dengan tuma’ninah 10. Berdiri lagi untuk menunaikan rakaat kedua
11. Membaca surat Al Fatihah 12. Membaca surat dari Alquran. 13. Ruku’ dengan tuma’ninah
14. I’tidal dengan tuma’ninah 15. Sujud dengan tuma’ninah 16. Duduk di antara dua sujud dengan tuma’ninah
17. Sujud kedua dengan tuma’ninah 18. Tahiyat akhir dengan tuma’ninah 19. Salam
20. Doa sholat istikharah yaitu : “ .”
Artinya: Ya Allah hamba memohon agar Tuhan memilihkan mana yang baik menurut Engkau ya Allah. Dan hamba memohon Tuhan memberikan kepastian dengan ketentuan Mu dan hamba memohon dengan kemurahan Tuhan yang Besar Agung. Karena sesungguhnya Tuhan yang berkuasa, sedang hamba tidak tahu dan Tuhanlah yang amat mengetahui segala sesuatu yang masih tersembunyi. Ya Allah, jika Tuhan mengetahui bahwa persoalan ini (sebutkan persoalan) baik bagi hamba, dalam agama hamba'dan dalam penghidupan hamba, dan baik pula akibatnya bagi hamba, maka berikanlah perkara ini kepada hamba dan mudahkanlah ia bagi hamba, kemudian berilah keberkahan bagi hamba didalamnya.
Ya Allah, jika Tuhan mengetahui bahwa sesungguhnya hal ini tidak baik bagi hamba, bagi agama hamba dan penghidupan hamba, dan tidak baik akibatnya bagi hamba, maka jauhkanlah hal ini dari pada hamba, dan jauhkanlah hamba dari padanya. Dan berilah kebaikan dimana saja hamba berada, kemudian jadikanlah hamba orang yang rela atas anugerah Mu." Waktu menyebutkan hal yang dimaksud dalam doa tersebut di atas, hendaklah disebutkan apa yang dimaksud persoalan itu.